Помощь с сайтом (opencart)

Было обнаружено вредоносное содержимое в файлах и папках. Встроенным антивирусником хостинга была сделана проверка. Хостинг возобновил работу сайта, но только по тех домену, по нормальному домену будет возобновлена работа когда поврежденные файлы и папки будут либо исправлены либо удалены. 

Нужно что-то сделать, чтобы исправить положение, при этом не навредить сайту, не нарушить его структуру и внешний вид и функционал.

Требуемый результат – работающий сайт с прежней структурой, внешним видом и функционалом. Открывается по нормальному домену.