Оживить Apache и Jira под Windows Server

Добрый день.  У нас сервак под Windows Server 2012 и под ним крутиться несколько сайтов. Был одно время вирус и зашифровал часть файлов, частично удалось вылечить? но видимо еще последствия остались. Но может быть дело и не в вирусе. Вобщем, сейчас сайты под IIS работают нормально, но у нас на этом же серваке еще и Jira под апачем и Java, и вот она тормозила, глючила и сейчас вообще перестала работать. Нужно починить, и вообще полечить, почистить сервак, чтобы меньше тормозил, проверить на вирусы. Но главное восстановить работу Джиры.