Заповедник состоит из пяти лесничеств: Хазнидонского, Суканского, Верхне-Балкарского, Безенгийского и Чегемского. Заповедник является единственным высокогорным заповедником Европы. В заповеднике находятся основные вершины Северного Кавказа, средняя высота которых составляет 3910м, здесь сосредоточена половина всех ледников, среди которых все самые крупные, количество которых составляет 152, а их общая площадь 290 км2. Крупнейшими ледниками Кавказа и Европы являются: Безенги, Дых-Тау, Цаннер, Шаурту, Къыш-кара. Толщина этих ледников в средних частях достигает 300-350 м. Ледник Безенги является крупнейшим ледником Кавказа и Европы, длина его составляет 17,6 км, площадь 36,2км2. В народе его называют ледяной король Кавказа.